airbugs

生物有很多不一樣的性狀，有些性狀可以很簡當的量化，例如體重或是體長等等可以輕易的測得單一的值，然後可以進行所有母數類型的統計分析。如果這些類型的性狀是研究員有興趣的，那這個研究員真的是很幸運，可以很直接的測得想要的資料（當然也有個前提就是要有足夠的樣本數）。
在生物學（尤其是演化及系統分類學），很多有趣的性狀其實都是沒辦法直接測得可以分析的“值”。例如不同隻鳥有不一樣形狀的鳥喙，有的是尖尖長長的，有得卻很像勾勾。其他又像葉子的形狀可以很不規則，那我們到底要怎樣比較這些差異呢？

Kuhl與Giardina在1982年發表的一篇文章，大大的改變生物學上對形態分析的方法：本來只能用文字表達的個體差異現在可以轉化成數值做統計分析。例如本來你只能說種A百分之90是正三角形百分之10是等腰三角形，種B是矩形跟直角三角形之類的，現在都可以轉換成主成分分析。

大尺度演化學的研究中一個很有趣的問題類型就是：
（一）為什麼某些時期系群的分化速度會變快？又有些時候會變慢？
（二）為什麼某些系群分化的速度會比其他系群快？

為了回答這些問題，首先需要確認的就是：（一）不同時期的分化速度真的有顯著的改變嗎？（二）分化速度在不同系群真的有顯著的不一樣嗎？

一個特徵（trait）的不一樣的性狀（states）對一個生物系群分化及絕滅的影響有多大呢？
例如：多形性（顏色變化多端）的鳥是不是比顏色單調的鳥有較高的分化速度？

類似的問題一直是生物學家很有興趣研究的方向，因為它們都關係到生態及演化學最基本的大問題“為什麼世界上有這麼多種生物？為什麼有些生物的類型比其他類型的生物在地球上成功很多（例如族群量比較大或是分化成比較多的物種）？”

除了可以研究不同生物之間的親緣關係之外，不同生物之間的形態差異很多時候還代表了不同生物在分化之後在不一樣的環境下面適應的結果。所以如何量化分析形態上的差異，一直都是演化學和系統分類學研究的主要研究方向之一。其中一個方法可以將不同形狀量化成值的做法就是利用Geometric morphometric analysis。

geomorph是一個R用來做geometric morphometrics分析的package，只要研究員有已經照好的照片（以2d的data為例，但是這個package也可以做3d的影像處理跟分析），就可以一條龍的從選擇landmarks到Procrustes analysis一直到PCA全部完成（link

生物適應不同環境的過程時常就像學生參加考試一樣：當遇到一個特定的題目出現的時候（Environmental Challenge），不一樣的人會有不一樣的方法來解題。（一）有些人考試之前已經做過很多考古題，什麼不一樣的題目出來都看過了就用原本準備好的方法解題（Standing Genetic Variation）。（二）有些人就是慧根高，遇到沒看過的題目還是可以想到新的解題法回答問題（New Mutation）。以上這兩種方法最常見，也最常被拿來互相比較優劣及對環境改變時適應速度的影響。但是其實還有另一種不常被拿來一起討論的方法，那就是（三）偷看別人的答案（Introgression）。因為人類社會通常不喜歡作弊的行為，而動物之間長久以來（近來有改變的想法）很多學者都假設分化久遠的物種很少會相互雜交，偷看答案（introgression）vs自己做答（standing variation and/or new mutation）很少被拿來一起比較。

最近因為二代定序技術的進展以及價錢的降低，還有基因體分析技術的發展，越來越的例子顯示其實不同動物物種之間的遺傳交流是會發生的，而且有的時候會有適應性的基因在不同物種之間傳布。大概就像現在大家都知道三星手機跟頻果手機還有其他牌子都手機設計，硬體，及軟體都互相抄來抄去一樣，這個解決問題的方法可能是很常見的。大家也就越來越常研究討論這類型的問題。

自從得到很多Next-Gen Seq (RadSeq) 資料之後，一直都在試著玩不一樣分析程式，其中一個叫做treemix。

因為（一）它的output files可以直接用R做出美美的圖，（二）可以用likelihood method來計算不同族群間是不是有顯著的migrants，（三）並且可以計算哪一些SNP(and the loci)與genomic的歷史很不一樣！（可能是under selection）。所以當然就要玩一下！（雖然它是應用在population level與我的species level divergences不一樣，而且”不能有missing data“，但是玩一玩還是很有趣）。

親緣地理學的發展將近三十年了，過程中出現了很多方法及想法的改變，
剛好我這個世代的研究生都參與過這一些變化。
雖然還有一些領域仍使用較早先展的理論與方法從事相關研究的問題探討，
我想應該會有人對為什麼某些方法會被淘太有問題，
及如果使用這些舊方法會有什麼問題不了解。

這是我的第一個到朋友家後面幫忙種的田，
最近下午都要來澆水，還要小心注意會不會有兔子跑來偷吃！

我們的田座落在一片森林中央！

這是自己第一次完成的研究，主要是碩士班時後老師建議我的題目。
後來花了比較長的時間才完成它！不過看到這一偏文章被接受發表，
心情卻比上一次台灣深山的文章高興很多～～
一整個就是碩士班的回憶。

輕輕鬆鬆的一首歌
基於某個人跟我說我的中文很差