airbugs

如何客觀量化地辨識生物種是生物學上最基本的問題。因為生物學上絕大部分的問題都必須仰賴清楚的分類結果（例如保育政策制定，生態學及演化學的研究都會因為分類學的結果不一樣造成不同的結果）。但是因為生物種的定義百百種，所以既使近年來量化辨識生物種的統計方法發展很多（絕大多數都以分子分類為基礎），拿到同樣的採樣甚至是完全一樣的資料還是可能的到不一樣的的生物種辨識結果。

分類學上並不是只有在定義及辨識”生物種“上分歧很大，還有另一個更大的問題存在叫做“亞種”。傳統上不同亞種是用來命名一個多態型（polytypic）生物種的不同形態群（大多數例子存在于地理隔離的不同形態群）。但是大部份的亞種分類辨識的過程跟結果是非常不客觀也不是根據可以量化分析的結果（有興趣可以看Mayr及Ashlock的書）。那我們現在很多資料庫裡面的不同亞種跟不同種真的代表不一樣的東西嗎？
這問題很重要，因為有些資料庫會把亞種當成同物異名：如果完全不一樣的東西被當成是亞種，那我們可能實際上少計算也少關心了很多特別的生物。

我今年剛有一篇文章發表就是用一群甲蟲（Dynastes屬）來檢測被定義成不同種跟不同亞種的分類群是不是真的有生物學上相對應的不同關係。
結果顯示並沒有。

這篇研究主要的發現及討論有：
1. 就統計學上來說，不同種之間的差異並沒有量化的比不同亞種間的差異大。
2. 不同的分類群之間的關係常常都代表著不同量的種化程度（different positions along the speciation continuum）：例如兩個現被定義為不同種的Dynastes granti跟D. hyllus只有分子生物學的資料可以顯示他們是不同東西，但是形態學跟生態學上這兩者並沒有顯著的差異。另一方面現被當作不同亞種的D. hercules lichyi跟D. h. ecuatorianus不止分子生物學資料顯示兩者完全不同，他們在形態上也有顯著的差異並住在不一樣的森林類型之中。所以不同分類群（taxa）之間可以有很多也可能只有一種資料顯示他們顯著分化。
不過很重要的一點就是：在Dynastes屬甲蟲，地理分佈的重疊只出現在分子及形態學（或生態學）資料上都顯示已經完全顯著分化的不同分類群之間。沒有全部都分化的不同分類群在地理上都是異域（allopatric）分佈的。
3. 生物種界定必須要納入所有可以得到的資料一起討論。如果我這篇文章只跟大部分其它近期的文章一樣只針對使用分子資料（2004年至今），那我就完全沒辦法得到點2.裡面的資訊了（i.e., speciation is a continuous process）。
****我真的超肚爛純粹使用分子資料做分類學的人****
4. 是時候該開始客觀量化的探討比較不同類群到底是把什麼樣的東西當成不同種了。例如鳥類學家認為的不同種跟魚類學家認定的不同種的原則是一樣的嗎？如果不一樣，差別在哪？
5. 系統分類學者不能只是給給結果然後打嘴炮，必須要把結果寫成大家都能懂的東西才能對自己有興趣的分類群真的有貢獻。很多文章title是"molecular species delimitation"的最後都只有提出對現在分類結果的建議但是沒有真的做出重新整理分類地位，這樣就結束研究對其他生物學的研究（如保育生物學及生態學）是很難有影響的。如果得到有用的資料，就應該要好好的將生物誌或分類回顧寫好刊出來當一個負責任的生物學家。因此，根據我這一篇文章的結果，Dynastes屬的生物誌也將被發表（正在被review中），其重點會是正式的把所有的Dynastes屬內的亞種全提升為不同種。

如果有興趣，我的文章可以在下面的網址找到（也可以寫email跟我要）：
http://sysbio.oxfordjournals.org/content/early/2015/12/16/sysbio.syv119.short?rss=1
所有的分子形態及分佈地點（生態學及地理分佈重疊）的資料都可以在Dryad資料庫免費下載：
http://www.datadryad.org/resource/doi:10.5061/dryad.8p6m0